人们通常把这次战争称为“回民起义”，但又不敢深讲,往往是一笔而过。对左宗棠也进行谴责，对战争的起因、进程、结果在历史教科书中完全避而不谈，就是照顾到了双方的感情。因为这次战争究其实质是民族仇杀。这次民族仇杀跟印度与巴基斯坦分离时的印度教徒和穆斯林之间的仇杀可以完全一样。回民对清政府的斗争并不十分坚决，有部分回民还投降了左军，马化龙也是时降时叛.跟清政府玩猫与老鼠的游戏，但他屠杀起汉人可绝不含糊的。在他初起时，攻占靖远县，该县23万汉人不分男女老幼被杀得只剩下五千人。张承志在《心灵史》也曾提到过，当回民攻占陕西某县城后，杀光包括出生没几天的婴儿在内所有汉族男子，轮奸所有汉族女子，称之为给汉人换换种。最后马化龙被擒后，凌迟处死，全家被灭族，实在也谈不上什么冤枉。而且有一点必须要说明的是回民对汉人的屠杀主要是集中在回民初起之时，占有很大优势，几乎控制了陕西大部与甘肃除兰州之外的全部，在这个区域内对汉人进行大屠杀。而汉人对回民的大屠杀主要后期回民失败后的报复性大屠杀，这有一个因果的关系。
这次战争已经有一百多年了。现在无论是政府与汉人都在刻意淡化这些仇恨，去保持这种民族团结的局面。因为现在中国绝大多数汉人不知道一百年前的西北有这样一次与残酷的民族仇杀，这与政府刻意淡化是分不开的。但是一部分回网上的成员一定要把有些事情搞得水落石出的话，我想真到那一天，“回民起义”这四个字中的“起义”两字就要去掉了。真正了解一些西北回民战争的史实后，觉得这次战争称为“起义”，实在对不起死于这次战争中的那些无辜百姓，总觉得这些死者的灵魂还不能安息。
当年回军在西北大规模屠杀汉人，不分男女老少，其目的是为了改变中国西北的民族构成，使回民能够成为西北的主体民族，这样就可以在当地搞一个伊斯兰国家。就算最后搞不成，也能成立一个准独立王国，因此也可以理解为什么回军有些首领对清军是时降时叛，而另一方面对汉人则是痛下杀手。只不过回民在汉人的血没有流光之前，自己几乎流光了血。另外左宗棠对待回民也是十分残酷的，但他在当时把回民还是看成是同族，并非他族，只不过是一些信仰外国教的族人，这也可以理解为什么他会接受一些回民的投降，如果是异族的话，就很难说了。
清朝末年，政府固然腐朽不堪，官员贪污之风盛行，然而西北各省经济并未崩溃，人民更不是民不聊生，相反，在战争前西北各省人口增长很是迅速，回民战争是完全可以避免的。如果说有必然因素，那就是民族主义，之所以爆发，与汉族和回族中激进的民族主义者有莫大的关系。
回民造反的确是被动的，是被团练乡勇所逼迫的。可在大规模的种族灭绝式的屠杀中，回民又是主动的。起事后他们愤怒地，盲目地把报复目标转向了所有的汉族，于是大批汉族平民被屠杀。这使得生还的汉族平民对回民的极端仇视，于是纷纷加入左军，参加对回民的报复性大屠杀。连一向与政府作对的西北刀客也参与剿回，可见当时普通汉民对回民的仇恨之深。最典型的一个例子是，回军攻占河西走廊的肃州，把城内所有汉人都杀光，一个不留。该年初，肃州镇标官兵，大部被调赴新疆平乱，肃州城防空虚，而回民准备造反的情绪日盛，气氛十分紧张。镇台（总兵官）成桂（旗人），采取恐吓手段企图压服；知州陈墉（钱塘人），采取和议政策，以图缓和尖锐的民族矛盾。二月二十三日，在惠回堡哨口防守之回民猎勇200余人，骑马前来肃州镇台府，索取前任肃州镇总兵德祥扣发之口粮和盐茶银饷未果，邀起猎勇不满，立即西奔，攻占嘉峪关，杀死关上巡检张开禧及居民无数，夺得关城，遂密通南山各路客回，于次日分头向肃州集结，暗自准备起事。二月二十四日，得悉嘉峪关失守，镇台成桂始觉问题严重，方增兵守城，封闭城门，并在东城门楼架设将军炮一门，炮口向着东关。东关回民一再请求州府保护，州主陈墉为探虚实，于当天中午，私自乘轿赴东关礼拜寺，被回绅款留。天晚，东关回民将东、南、北三个哨门的铁锁砸掉，为城外潜伏的猎勇和各路客回开门。至夜深，马文禄等与本城回民标兵兰积祯、马天才等人，利用州官轿子，装扮知州回城，回军旗、鼓喝道：“快开门！陈大人要回府了！”城楼士兵下城开门。城门刚开，潜藏于东关两侧廊庑下的回众一拥而入，喊声连天，四面暗哨放火接应。道台桓龄闻变，率数十人迎击，回军像潮水般涌来，恒龄率兵力敌，不料，肃州镇标军中的回弁忽然反戈，致使官军溃散。恒龄中枪倒地，随从人员均战死。城内各街员弁及众武生出来与回军搏斗，势弱不支，大都战死。镇台成桂大惊，缒城逃遁张掖。天明后，城遂为回军占领.左军后来攻克肃州后，也一样，把肃州的回民杀的鸡犬不留。还请一提起左宗棠就咬牙切齿的朋友仔细想一想。
1862年的陕西，在陕西杀了约500万人。1863年，陕西回民在被清军退到甘肃后，对甘肃汉人进行疯狂大屠杀。虽然也有甘肃回民参加，但最残暴的是陕西回民，杀人最狠。据《中国人口史》一书的统计，回民起义前咸丰十一年(1861年)甘肃人口1945.9万人，战后光绪六年(1880年)人口仅存495.5万人，人口损失1455.5万人，损失比例为74.5%。在甘肃，回民一次杀10万以上汉人的大屠杀有很多次，许多县的汉人被杀光。回民起义杀掉陕甘两省的总人口大约2000万人．这是世界近代史上最残暴的种族灭绝大屠杀。这次大屠杀比希特勒屠杀犹太人手段更残酷。不分男女老幼，全部用刀砍死，用火烧死，进行种族灭绝大屠杀。
以下是甘肃部分县大屠杀的情况。
据镇原县志：“四乡堡寨攻陷无遗，而县城独全，盖四乡之人逃出虎口者，生后入城避难。是月初九日，回民军入城……全城糜烂，死者不知其数。”据《中国人口史》，回民屠城前全县人口26.9万，战争损失23.4万，损失比例为87%。
据《中国人口史》，泾州四县咸丰十一年(1861年)有人口92.8万，战争中人口死亡82.2万，损失88.6%。
平凉。据宣统《甘肃新通志》卷47，同治二年(1863年)八月，回民军队“陷平凉城府官……员死节者百余，士民死者十数万。”据《中国人口史》一书推算，同治年间平凉府(包括华亭，隆德，平远，海城，固原)人口损失249.1万，占战前人口的88.6%。一次被杀十万人以上的例子很多。
华亭县。据记载，“同治二年十一月，陕回入境，焚杀极惨。初土回叛变，尚爱乡土，不甚残毒。及陕回入境，无所顾惜，焚杀惨于土回十倍。华亭从此丘墟。”“乡镇民屋焚杀殆尽，遗民数百悉逃莲花台。平回后招安遗民，归城者仅七十余人，男女老幼死亡数万。”据《中国人口史》，华亭县咸丰十一年(1861年)人口约17.1万，战争中人口损失约达94%，也基本上被杀完了。
隆德县。据载：“同治四年县破城，从此官逃庄浪，城空无主者五年．人民杀毙饿死十有八九，老弱逃尽，全县无二三十人家。全县村村焦土，十室九空。”人口死亡比例高达90%，而今这个县的人口，基本上均是战后移民。
固原县。回民军队与清军争夺的重点。同治二年一份奏报称，固原突被回军攻破，“民殆尽”宣统《甘肃新通志》卷47称：“固原回叛……城内官民男妇共死者二十余万人。”
据中国人口史，庆阳府战争中损失128.7万，占战前人口的91.3%，汉民基本被杀光。
宁夏府。据宣统《甘肃新通志》卷47，同治二年，回民军队“陷宁夏府城，汉民十余万被屠殆尽”。同年马化隆又陷灵州，“城中民人死者二万余”。整个宁夏府人口损失多达150万，战后仅存10多万。当时有一篇祭文有如下描述：“……同时赴义，数十万人，尽罹锋镝，天降鞠凶……”
花马池(现为宁夏盐池)。原有10万人，战后只留下5947人，人口损失94.1%。汉人基本上被杀完。
陕回入甘经渭源、狄道至河州，屠杀甚惨。由于当时农村杀得很惨，能逃的则涌入县城，借城墙保命。然而城破之后，则被血洗。如渭源城破后，“屠毒生灵以数万计，满城官员皆死之。”另一记载：“残杀一日，辄死人民数万，血流成渠，尸积如山，伤心惨目。”渭源人口损失90%，人民基本被杀光。十年后才设官府，招民种田，原有住户只余十余家。
狄道。宣统甘肃新通志卷47记载，同治二年八月，回民陷狄道州城，居民十余万被屠。
靖远。同治五年，“陕回陷靖远县城，陕回结靖远回为内应，攻陷其城，靖民逃出者十之一二。”《甘宁青史略》正编卷21则称，靖远破，“汉人死者男妇约十余万”。
损失最惨的是临潼县，人基本被杀完。临潼县。据复旦大学史地所路伟东研究，临潼县1861年人口是26万。临潼县志载, “1862-1869七年，临潼县死亡人口30余万。渭河南北烧杀之灾无一村一人而幸免。”也就是说，不仅杀光了原来的人口，也杀光了这七年新生的孩子。《中国人口史》一书，列出了很多县的死亡情况，唯独对死亡最惨的临潼县没有提说。
泾阳县。据《中国人口史》一书，战前一年的1861年人口17.7万，战后6.7万，战争中损失11万。
兴平县。战前1861年18.4万，战争三年人口损失7.9万。
户县。战前16.2万，战争中人口损失比例超过三分之二。
富平县。战前31.8万，损失20.3万。
三原县。咸丰十一年(1861)三原县人口21.6万人，损失12.3万。据三原县志记载，回民起义两年间(1862-1863)，“县旧隶五百余村俱残破，仅存东里、蔡王二堡”。
高陵县。回民起义前的1861年高陵县人口８万人。高陵县志记载，“同治三年(1864)，县内人口锐减至32192人。”损失4.8万。
大荔县（旧制）。战前22.4万，三年后仅余72679人。损失67%。
合阳县。战前29.9万，战后余14.6万，损失57%。
澄城县。战前20.6万，损失60%。
蒲城县。战前32万，损失64%。
华州(现华县)。战前17.8万，战后不到９万。
以上回民起义死亡人数的资料均有据可查，主要是《中国人口史》(第五卷，清史部分)。另外，《同治年间陕西回民起义调查》一书，记录了很多大屠杀的过程。《甘肃新通志》也是一部很有价值的书。
这场回汉战争本质上不算是什么“回民起义”——它没有像太平天国提出“天朝田亩制度”那样提出任何先进革命纲领，它实际上倒是符合现在伊斯兰世界普遍盛行的“圣战”标准——只不过实行圣战对象是一切非回民而已，尤其是普通汉族百姓，回民领袖以为只有杀光所有汉人，实行完全的伊斯兰化才是真正的真主旨意，是真正的“圣战”，因此这场斗争从一开始就透露出典型的民族战争色彩——而且是典型的种族灭绝，在陕西、甘肃有近千万汉族无辜百姓被屠杀。
当朝廷平定了太平军和捻军之后，转身来对付西北和西南的“回乱”，在西北左宗棠的大军所向披靡。由于回民错误的政治指导思想，使得他们的斗争被很容易孤立为弱小的回回群体对抗全中国以汉人为主加上满洲贵族的实力强大的“满汉联盟”。满清政府对抗太平军和捻军时最为头痛的缺少汉人百姓支持的问题，由于回回民族极其狭隘的宗教主义战争指导思想下，轻易地获得了解决。
所以，我们看到清军所到之处完全不见对付太平军时期的尴尬(没有群众基础)，相反陕甘各地汉族百姓竞相支持，并且配合朝廷组成地方民团一起投入到对回回的疯狂报复之中去。
“秦不留回”——就是在遭到回民疯狂屠杀后，汉人幸存百姓在朝廷大军的支援下对回回民族的疯狂报复之举。随着回回形势的不利，他们在陕西、甘肃遭到了疯狂灭族的报应！
前面我说过了，这场回变很大程度上是回族上层宗教分子利用长期以来回汉民族的积怨，在判断大清将覆亡的错误认识下的一次典型的机会主义的“政治投机”而已——成功了，就可以在西北、西南一个完全回回的伊斯兰国。
既然是“政治投机”，就少不了斗争的不坚定和动摇，后来杜文秀、马化龙、马占鳌、马文禄都选择了“就抚”，“反正”就是这种“投机分子”的真实嘴脸——他们造反哪里是什么去为人民谋福祉啊，完全是一次标准的“政治投机”，成功了就伊斯兰化中国，失败了就与朝廷谈招安的条件。
只不过，由于罪孽深重，杜文秀与马化龙依然没有得到朝廷赦免，只有马占鳌由于积极表现，屠杀自己的穆斯林兄弟有功才得到了朝廷的“宽大”。而另一个杀人如麻的恶魔白彦虎罪大恶极，知道清廷不会放过他，因此顽抗到底逃窜往沙皇俄国。途中，为了稳定军心他竟然变态地以杀戮自己的亲嫂子来震慑意志动摇的人，绑架众教民与自己一起奔赴黄泉。
总之，最早起自咸丰(1855年)，历经同治、光绪的“回变”(或叫“回乱”)其经过大体如此。究其原因实为“回回”想趁中国内乱之际造反建立一个大伊斯兰国（比如杜文秀于1856年在云南西部的大理建立了平南国自称“苏丹苏曼”）。
所以说道这场回汉血仇的悲剧，肯定有哪一个错误在先和错误严重的问题。通过分析上段历史，我们已经不难知道历史的真相，如果一个民族不反省自己曾经的过错，反而讴歌在那场战争中的刽子手(比如白彦虎和马化龙等)，这只能说明这个民族没有认真反省自己的错误，难保历史悲剧不再重现。
当然，我们也不能否认，汉族的“秦不留回”的口号下也杀死了许多无辜的回回。不过那是在民族大仇杀的背景下，在回回先挑起民族仇杀的情况下的报复性举动——毕竟任何民族都有血性，难免不在仇恨下失去理智，我们不能对一个受伤的民族过多要求她去理智，因为这本身就很“残忍”。
